南區國稅局表示，依稅法相關規定，營利事業以非直接銷售人開立的不實發票申報進項稅額，需於稽徵機關查獲前申請更正及補繳稅額，否則緃使已申報進貨退出及補繳稅款，仍應依稅捐稽徵法第44條規定，處以5%行為罰。

甲公司92年3-4月期營業稅以虛設行號乙公司開立的不實統一發票，充作進項憑證並申報扣抵銷項稅額，經國稅局查獲，除追繳營業稅外，同時處以5﹪行為罰。甲公司對該罰鍰處分不服，主張已於稽徵機關調查前92年5-6月期申報進貨退出及繳納稅款，依稅捐稽徵法第48條之1規定，應免予處罰為由，提起行政救濟，但遭行政法院判決敗訴。

行政法院判決理由指出，依司法院釋字第252號解釋理由書意旨，稅捐稽徵法第44條規定係為使營利事業據實給予或取得憑證，有助於交易前後手稽徵資料臻於翔實，以建立正確課稅憑證制度，而營利事業未自「直接銷售人」取得進項發票，即構成稅捐稽徵法第44條之違法行為。再者，營業人發生「進貨退出」的補繳與取得不實發票申報扣抵銷項稅額逃漏營業稅自動補繳並補申報，是不同的營業作為。甲公司要完成稅捐稽徵法第 48條之1要求的「自動補報並補繳」程序，應填具自動補繳稅額繳款書及更正92年3-4月期的申報書。甲公司雖於92年5-6月期申報「進貨退出」，並已繳納稅款，結果雖然没有造成漏稅，但並没有更正92年3-4月期原申報內容，與稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報補繳的情形不同，所以没有免罰的適用。甲公司以不實的進貨憑證報繳營業稅，國稅局按稅捐稽徵法第44條裁處5%行為罰，並没有錯誤，因此判決甲公司敗訴。

國稅局提醒營業人，如發現誤以不實進項發票申報進項稅額，應於國稅局查獲之前，申請更正原申報內容及自動補繳稅額，才可以免除相關的處罰。