1. 扣繳制度程序：扣、繳、填、報四個程序
   扣繳單位於給付所得時，將所得人應繳的所得稅款依規定之扣繳率預先「扣」下，寫好繳款書在規定時間內向國庫「繳」納，加總統計全年給付資料，並依規定「填」寫扣（免）繳憑單，在時限內，將各項扣繳書表，向稽徵機關辦理申「報」後，將扣（免）繳憑單填發交所得人辦理結算申報，這扣繳填報的程序，通稱扣繳，或報繳。
2. 扣繳的目的：
   1. 即用即收：用之於民，故取之於民。政府每天皆須支付大筆的經費，如無法每天有收入支應的話，各項公共建設速度就會落後，這些公共建設是全體老百姓所共享的，其經費來源，大部分來自課稅收入，其中屬於國稅部分的綜合所得稅，大部分是經由扣繳而來。故政府可儘速獲得稅收，便利國庫資金調度。
   2. 分期付稅，儲蓄納稅：全年度結算時該繳的稅，分攤12個月或取得時即先繳一部分，納稅義務人一邊賺錢，一邊付稅，可減輕一次負擔整筆稅款的壓力，減輕繳稅的痛苦感。這點各位可以參考「薪資所得扣繳辦法」所附之每個月薪資所得扣繳稅額表及最後一頁的員工薪資所得受領人免稅額申報之內容（如附件1、2、3），就可以明瞭分期付稅的觀念。理論上來講，完美的扣繳制度，第2年結算下來，應該是不用補稅，也不再退稅。但是因為個人所得來源的多元化，例如採用列舉扣除額每人扣除之內容各有不同，或年度中間的變化，譬如新生子女，增加扶養親屬免稅額，或房客年度中途退租，致減少收入，而降低累進稅率，第２年結算反而可以退稅，此時的扣繳稅款，就變成了一種儲蓄。所以扣繳憑單就好像是一張支票、結算申報時可以憑扣繳憑單上填載之扣繳稅額抵稅或退稅，所以扣繳並非所得之減少。
   3. 掌握課稅資料：向國庫繳納後，便會有繳款書登錄送到電腦，申報扣繳憑單後，兩者便會勾稽交查，並按扣繳單位之統一編號及所得人之身分證統一編號加以歸戶，進而控制整個所得稅稅源，而使所得稅成為大眾稅，稅基寬廣。按人按戶歸戶後，高所得即應適用較高的累進稅率，而達到量能課稅的目的。
   4. 建立納稅觀念：每一所得人到時候，都會收到一張扣繳憑單，上面記載賺了多少錢，扣取了多少稅款。憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務，經由這一張扣繳憑單，將可明確的深植人心。
   5. 降低稽徵成本：經由扣繳義務的作業，綜合所得稅大部分可以自動報繳，故可減少收稅的成本。
   6. 與帳務支出有勾稽作用，有助於會計事項之內部牽制：因為所得扣繳憑單屆時要彙總統計，另外編造一份各類所得扣繳暨免扣繳憑單申報書向稽徵機關申報，而這些薪資支出、租金支出、利息支出，股利支出等都是公司的會計科目之一，故有牽制及勾稽之作用。
3. 扣繳義務人的規定：即負擔扣繳責任的人，依扣繳單位性質的不同，分屬如下：
   1. 事業負責人：也就是營利事業的老闆。
   2. 機關、團體、學校之責應扣繳單位主管：所稱「責應扣繳單位主管」，由各機關首長、團體負責人或學校校長自行指定之。如前述單位已於各類所得扣繳稅額繳款書、各類所得扣繳暨免扣繳憑單申報書或各類所得扣繳暨免扣繳憑單之「扣繳義務人」欄載明扣繳義務人者，視為該機關首長、團體負責人或學校校長指定之扣繳義務人；未經指定者，以機關首長、團體負責人或學校校長為扣繳義務人。
   3. 執行業務者本人：一般而言，就是具有自由職業者身分，以技藝自力謀生的人。
   4. 破產財團之破產管理人：利用破產人的財產組成之破產財團，由法院就適於管理該破產財團所選任之人。
   5. 信託契約的受託人：給付信託財產發生之收入予受益人時，如該受益人為非中華民國境內居住之個人或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業者，應以受託人為扣繳義務人。
      公益信託或信託基金實際分配信託利益時，應以受託人為扣繳義務人。
4. 扣繳的時點：扣繳義務人於給付納稅義務人所得之當時，即應扣取所得稅款，故須先瞭解稅法上有關給付的定義。給付的定義，計有下列4種：
   1. 實際給付：以現金、財物或實物直接交付所得人。
   2. 轉帳給付：將所得轉入所得者名下，所得者即已可支配該項所得。如銀行於結息日將利息轉入其帳戶；股務課於除權基準日將應配發之股數轉入股東分戶帳內；公司於發薪日將薪水轉入員工銀行帳戶。
   3. 匯撥給付：將所得以匯兌或郵政劃撥方式交付。
   4. 視同給付：股東大會決議分配盈餘之日起，雖尚未通知發放股利，致股東無法前來領取；或已通知發放，但股東仍未前來領取，逾6個月尚未給付者，即視同給付。

綜合所得稅之課徵，原則上以收付實現為原則，例如實際給付、轉帳給付及匯撥給付，所得稅扣繳之執行，自應一致，但為防杜高所得者規避強制歸戶，乃有視同給付之例外規定。