財政部指出，營業人觸犯加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第51條各款規定的逃漏稅案件，如同時違反稅捐稽徵法第44條規定者，依規定應擇一從重處罰，惟因營業稅法第51條規定，係按所漏稅額處1倍至10倍罰鍰，而違反稅捐稽徵法第44條規定，係以查明認定之總額處5%罰鍰，二者處罰基礎不同，應如何判斷何者處罰較重，該部經徵詢法務部意見，將發布解釋令，規定此種案件應就具體個案，分別依營業稅法第51條規定計算漏稅額最高10倍的罰鍰金額及稅捐稽徵法第44條規定查明認定總額5%的罰鍰金額作比較，以二者罰鍰金額高者為裁處的法律依據，再依該法律依據及相關規定（如「稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表」等）予以處罰。

財政部進一步舉例說明，例如某營業人銷售貨物，漏開統一發票銷售額新臺幣（以下同）100萬元，觸犯營業稅法第51條第3款規定，因該營業人尚有累積留抵稅額3萬元，致逃漏營業稅額2萬元。同時涉及未依規定給與憑證，違反稅捐稽徵法第44條規定。

此時，稅捐稽徵機關應就該案所漏營業稅額2萬元乘以營業稅法第51條所定最高10倍的罰鍰金額計20萬元，再與依稅捐稽徵法第44條規定按查明認定總額100萬元的5％罰鍰計5萬元比較，以依營業稅法處罰較重，在擇一從重處罰原則下，應適用營業稅法第51條處罰；再參據稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表中有關營業稅法第51條第3款規定的違章情形及裁罰倍數予以處罰。

例如該案之違章情節依據上開參考表規定，應裁處3倍罰鍰，則該營業人即應裁處6萬元罰鍰。惟如該案之違章情節依據參考表規定，原應裁處1倍罰鍰計2萬元，因行政罰法第24條第1項但書規定「裁處之額度，不得低於各該規定之罰鍰最低額」，則此時本案即應裁處5萬元罰鍰。