財政部臺北市國稅局表示，保稅區營業人辦理保稅貨物盤存，因實際盤存數量少於帳面結存數量，逾盤差容許率，經海關補徵營業稅者，該項補徵之營業稅額，營業人不得申報扣抵銷項稅額。

該局說明，依海關管理保稅工廠辦法第21條第1項第1款規定，保稅工廠辦理盤存之保稅物品，實際盤存數量少於帳面結存數量，逾盤差容許率者，應於接獲海關核發之補稅通知之翌日起10日內，繕具報單補繳進口稅捐，且為簡化稽徵，海關將一併補徵營業稅，而該項補徵之營業稅額，營業人不得申報扣抵銷項稅額。

該局指出，為一致性處理，同為保稅區之科學工業園區之園區事業、加工出口區之區內事業、農業科技園區之園區事業、自由貿易港區之自由港區事業、保稅倉庫、物流中心及免稅商店等營業人，辦理保稅貨物盤存，實際盤存數量少於帳面結存數量，逾盤差容許率者，海關補徵之營業稅，比照上述保稅工廠規定，亦不得申報扣抵銷項稅額。

該局呼籲，營業人應自行檢視有無違反前述不得扣抵規定之情事，並在經人檢舉或國稅局發函調查前，向所屬之國稅局分局或稽徵所辦理補報補繳，即可依稅捐稽徵法第48條之1規定免予處罰。否則，若經查獲，將依加值型及非加值型營業稅法第51條規定補稅並處罰。