財政部高雄市國稅局表示，96年度未依規定設置帳簿之中、西醫師、醫事檢驗師(生)及物理治療師等業者（以下簡稱醫療院所）之執行業務所得，其中全民健康保險收入含中央健康保險局追扣或補付以前年度醫療款必要費用之計算，應依財政部97年6月11日台財稅字第09704055560號函辦理。

國稅局進一步指出，依上述財政部函說明，96年度如有追扣或補付以前年度醫療款時，屬95年度部分，目前追扣或補付醫療款與中央健康保險局之核定點數無涉，純屬結算點值之調整所造成，故該調整收入部分，無再減除必要費用之適用，惟嗣後如因核定點數變動致有應追扣或補付醫療款者，基於收入與費用配合原則，該部分之必要費用仍應於核算所得額時一併考量，是故96年度全民健康保險收入，其所得額核算公式為

『扣繳憑單金額＋部分負擔收入金額－【（核定點數(含部分負擔)×0.78）－（94年度或以前年度追扣醫療款×78﹪）＋（94年度或以前年度補付醫療款×78﹪）】』。

該局又表示，自95年度起，醫療院所全民健康保險收入之費用標準改以核定點數按每點0.78元計算後，其核算方式較為複雜，業者於計算其執行業務所得時，有關核定點數及追扣補付以前年度醫療款金額，可參考中央健康保險局所提供「全民健康保險特約醫事服務機構申請醫療費用分列項目參考表」資料審慎填報，以確保自身權益。