財政部臺灣省中區國稅局表示，自95年度起，營利事業支付財團法人醫院之醫療費用，免予扣繳所得稅，但應依所得稅法第89條第3項規定，將給付醫療費用之所得資料列單申報主管稽徵機關；惟近來常發現營利事業支付該項費用，於開立免扣繳憑單時，所得類別誤勾選為「執行業務所得」，正確所得類別應為「其他所得」。

該局進一步說明，財團法人醫院係屬所得稅法第11條第4項規定之「教育文化公益慈善機關或團體」，非屬「執行業務者」，其所得應依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」規定辦理徵免所得稅，故營利事業給付醫療費用之所得資料列單申報時，所得類別應勾選為「其他所得」，非屬「執行業務所得」。

該局特別提醒扣繳義務人注意上述規定，以免申報扣繳暨免扣繳憑單後尚需辦理更正。