財政部臺灣省北區國稅局指出，轄內甲公司新竹分公司因93年間涉嫌無進貨事實，取具虛設行號乙公司開立之統一發票銷售額新臺幣（下同）33,195,000元，虛報進項稅額1,659,750元，經查獲後，核定甲公司新竹分公司補徵營業稅額1,659,750元，並處罰鍰11,618,900元。甲公司新竹分公司不服，申請復查，罰鍰部分因「稅務違章案件裁罰金額或倍數參考表」修正予以追減3,319,500元，其餘復查駁回，仍表不服，提起訴願亦遭駁回，循序提起行政訴訟，經臺北高等行政法院判決駁回在案。

該局表示依加值型及非加值型營業稅法第28條前段規定：「營業人之總機構及其他固定營業場所，應於開始營業前，分別向主管稽徵機關申請營業登記。」又財政部85年8月2日台財稅第851912894號函釋：「涉及營業稅部分，依據營業稅法第28條及38條第1項規定，營業人之總機構及其他固定營業場所，應分別向所在地主管稽徵機關申請營業登記，並按期申報銷售額、應納或溢付營業稅額。故總機構與其分支機構如有涉及違章情事，應以其實際發生違章行為之總機構或分支機構為違章主體，由各該主管稽徵機關辦理。」

該局說明本件甲公司新竹分公司雖主張分公司既非獨立法人，又無法律規定其得為權利義務之主體，分公司並無行政程序當事人能力，不得作為行政處分之當事人，惟查營業稅法規定，稅籍登記不以有法人人格為限，分支機構亦得為之，是甲公司新竹分公司虛報進項稅額涉及違章情事，稅捐稽徵機關對其補稅裁罰，依法並無不合。