財政部賦稅署表示：財政部於日前發布解釋，針對營業人積欠已逾限繳日期，且未依法申請復查之營業稅滯納金、滯報金、怠報金、利息及罰鍰，稽徵機關得就營業人之溢付稅額與前開積欠金額，從低辦理退稅並抵繳積欠。但為了確保營業人權益，財政部也規定稽徵機關應將抵繳情形通知營業人。營業人可以在抵繳通知函合法送達後30日內，或抵繳通知函未合法送達前，向稽徵機關申請取消抵繳其積欠，稽徵機關受理後，應更正回復其溢付稅額。

財政部賦稅署說明，依據加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第39條規定，營業人之溢付稅額除因銷售適用零稅率貨物或勞務、取得固定資產、因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記而溢付之營業稅，及情形特殊報經財政部核准者，得辦理退還外，原則上應留抵營業人之應納營業稅額。日前財政部考量營業稅之滯納金、滯報金、怠報金、利息及罰鍰，與營業稅屬同一稅目，如同意其得以營業稅溢付稅額抵繳，對營業人可產生免再賡續計息及免移送行政執行等利益，乃於近日發布解釋令，規定稅捐稽徵機關對於營業人積欠已逾限繳日期，且未依法申請復查之營業稅滯納金、滯報金、怠報金、利息及罰鍰，得以其溢付稅額抵繳；但是抵繳金額需以積欠金額為限，例如：

營業人甲有溢付稅額新臺幣（下同）150萬元，積欠營業稅罰鍰100萬元，稽徵機關僅可就其積欠罰鍰100萬元部分，辦理退稅並抵繳程序，至於所剩餘的50萬元溢付稅額，仍留供營業人甲抵繳以後之應納營業稅額。

另外財政部也考量營業稅法施行細則第52條及該部89年10月19日台財稅第890457254號函釋規定，營業稅法第51條所稱之漏稅額，原則應扣減營業人自違章行為發生日至查獲日止經稽徵機關核定之各期累積留抵稅額之最低金額。為免造成營業人於核課期間內因累積留抵稅額減少，可能滋生補稅及違章情事等爭議，財政部同時也為營業人保留選擇機制，亦即營業人可以在抵繳通知函合法送達後30日內，或抵繳通知函未合法送達前，向稽徵機關申請取消抵繳其積欠，但是營業人應即繳納其原抵繳之營業稅滯納金、滯報金、怠報金、利息或罰鍰，稅捐稽徵機關才會更正回復其溢付稅額。

又據財政部賦稅署表示，為配合本項放寬措施，財政部也一併廢止了該部91年6月7日台財稅字第0910452473號令後段「至營業人欠繳營業稅之滯納金、利息或罰鍰，仍應於營業人提出申請或書面同意後始得據以辦理抵繳」及87年7月23日台財稅第871954623號函「四、營業人擅自歇業他遷不明，稽徵機關尚不得逕以該營業人之累積留抵稅額抵繳其滯欠之罰鍰；惟如依法申請強制執行，經法院准許以該營業人之累積留抵稅額抵繳其滯欠之罰鍰者，當可依法院執行裁定處理。」等文字。