財政部臺北市國稅局表示，綜合所得稅採家戶申報制，夫或妻各有所得者，於婚姻關係存續中，應合併辦理結算申報，若因夫妻確已分居而無法合併申報綜合所得稅，可據實於申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號及「分居」字樣，申請分別開單，惟其發單補徵所適用之稅率級距係以夫妻雙方合併之所得淨額計算。

該局舉例，納稅義務人甲君94年度與配偶已分居，95年度綜合所得稅結算申報，以其本人全年所得所適用之稅率級距13%計算應納稅額繳納，並出具切結書申請與配偶分別開單，經該局依財政部76年3月4日台財稅第7519463號函規定，以甲君及其配偶95年度之各類所得總額減除免稅額及扣除額後之餘額，依適用稅率，計算全部應納稅額，再以全部應納稅額按渠等所得總額占夫妻所得總額比率計算，減除其已扣繳及自繳稅款，發單補徵。

該局說明，夫妻雖分居，其婚姻關係仍存續，納稅義務人應與配偶合併申報課徵綜合所得稅，至財政部76年3月4日台財稅第7519463號函釋意旨，係依夫妻雙方之各類所得總額比率計算分別發單之方式，並未偏離我國綜合所得稅係以申報戶為納稅計算單位，故夫或妻不論個別所得高或低，其所適用之稅率級距仍應以合併後之所得淨額計算。