財政部表示，隨著第二次「江陳會談」於97年11月4日簽署空運直航、海運直航、郵政合作及食品安全等4項協議，兩岸於同年12月15日正式啟動海空運直航。有關大陸地區空運業者或海運業者倘有自臺灣地區承運客貨之營業收入，核屬臺灣地區來源所得，應依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條規定課徵所得稅。其課稅方式如下：

一、設有固定營業場所或營業代理人者，應就其臺灣地區來源所得，準用臺灣地區營利事業適用之課稅規定，課徵營利事業所得稅。

二、無固定營業場所及營業代理人者，其臺灣地區來源所得之應納稅額，應由扣繳義務人於給付時，按規定之扣繳率扣繳，免辦理結算申報；如有非屬扣繳範圍之所得，應由納稅義務人依規定稅率申報納稅，其無法自行辦理申報者，應委託臺灣地區人民或在臺灣地區有固定營業場所之營利事業為代理人，負責代理申報納稅。

財政部進一步表示，「海峽兩岸海運協議」雖訂有「稅收互免」條文，惟因我方法律程序尚須時間處理，雙方實施日期將另行確定。另「海峽兩岸空運協議」則未納入稅收互免條文。有關大陸地區海空運業者取得在臺灣地區承運兩岸或我方至第三地客貨收入，其臺灣地區來源所得，仍應依前項說明核課。惟基於稅務行政簡化及與港澳海運業者等課稅原則一致考量，上開大陸地區海空運業者經營兩岸運輸業務，倘有成本費用分攤計算困難者，得依推計課稅方式，按其在臺灣地區承運客貨營業收入之10%為營利事業所得額，並依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第25條規定課徵營利事業所得稅。