財政部表示，鑑於促進產業升級條例將於98年底屆滿，提供所得稅制改革契機，財政部參據行政院賦稅改革委員會(以下簡稱賦改會)「促產條例租稅減免落日所得稅制改革方案之研究」、「營利事業所得稅簡化稅政之研究」及「綜合所得稅簡化稅政之研究」之結論，研擬所得稅法部分條文修正草案，希望為國家經濟之永續發展注入新動能。

財政部經依賦改會前開相關研究結論審慎研議，建議保留「研究發展」、「人才培訓」、「營運總部」及「國際物流配銷中心」等4項功能別租稅獎勵措施，以促進產業創新，提升產業競爭力。所得稅法修正重點如下：

1、將營利事業所得稅稅率由25%調降為20%，採行單一稅率，並將起徵額由5萬元提高至12萬元，以適度減輕營利事業租稅負擔，並提升我國投資環境之租稅競爭力。
2、綜合所得稅稅率「21%、13%、6%」3個級距稅率分別調降為「20%、12%、5%」，以適度減輕中低所得及薪資所得者租稅負擔。
3、上開修正規定，配合促產條例租稅減免至98年底落日，明定自99年度起施行。
4、簡化營利事業所得稅暫繳申報制度。
5、簡化大店戶獨資合夥組織之營利事業所得稅申報及其盈餘歸課稽徵程序。

財政部說明，本次配合促產條例落日之所得稅制改革對總稅收影響很小，相關影響項目估計如下：

1、促產條例租稅減免落日，約增加稅收1,483億元。