財政部108.07.12台財稅字第10804507200號令，訂定稅捐稽徵法第四十八條之一進行調查作業步驟及基準日認定原則。

一、訂定「稅捐稽徵法第48條之1所稱進行調查之作業步驟及基準日之認定原則」如下列說明。
二、廢止本部103年9月25日台財稅字第10300596890號令。

營利事業所得稅

項目 作業步驟及基準日之認定原則
營利事業所得稅未列選之查帳案件及擴大書面審核案件
  1. 審查人員應就非屬擴大書面審核及擴大書面審核之派查案件，進行線上審查及核定作業，經審查無異常之案件，將審查情形記錄於核定系統。
  2. 經審查發現有異常之案件，應即發函並載明具體查核範圍，通知營利事業或有關機關、團體、事業或個人限期提供帳簿憑證等相關資料接受調查，以確認異常事項，並以函查日（即發文日）為調查基準日。

綜合所得稅

項目 作業步驟及基準日之認定原則
綜合所得稅漏報、短報、未申報案件；扣繳義務人及信託行為受託人之稅務違章案件
  1. 審查人員應就財政部財政資訊中心送查之待審核定通知書及各項清冊，依次序進行審查，並將審查情形於待審核定通知書及清冊上註明，陳報基層單位主管核章，以資管制。
  2. 經審查發現有漏報、短報、未申報或其他異常之案件，應即發函並載明具體查核範圍，通知納稅義務人(扣繳義務人或信託行為受託人)或有關機關、團體、事業或個人限期提供相關資料接受調查或提供說明，並以函查日（即發文日）為調查基準日。但裁處所根據之事實，客觀上明白足以確認，並經稅捐稽徵機關將根據之事實及調查基準日對外公告之案件，以該公告之調查基準日為準。

營業稅

項目 作業步驟及基準日之認定原則
  1. 申報進銷項資料交查顯示不同之案件
  2. 異常發票資料之案件（例如以遺失、作廢、開立不實統一發票營業人開立之發票，作為進、銷項憑證）
  1. 稅捐稽徵機關依服務區分派件數，經辦人員簽收後應依以下規定辦理。
  2. 下列案件，經辦人員應於簽收後，發函通知營業人限期提供帳簿憑證等相關資料接受調查，以確認涉嫌違章事實，並以函查日（即發文日）為調查基準日。
    1. 取得不實之統一發票（例如遺失、作廢、空白、開立不實統一發票營業人虛開之統一發票等）作為進項憑證申報扣抵或退稅者。
    2. 短、漏報銷售額者。
    3. 進、銷項稅額不符者。
    4. 其他具體涉嫌違章之案件。
  3. 下列案件，經調閱相關違章事證資料，可查核確認營業人涉嫌違章事實，經辦人員應於簽收當日填報「營業人涉嫌逃漏稅交查資料簽收暨進行調查報告單」，並調閱相關違章事證資料，敘明涉嫌違章事實，並以調閱相關違章事證資料之日期為調查基準日。
    1. 重複申報銷貨退回或折讓證明單者。
    2. 重複申報進項稅額扣抵銷項稅額者。
    3. 未申報進貨退出或折讓證明單者。
    4. 其他具體涉嫌違章之案件。

遺產稅

項目 作業步驟及基準日之認定原則
已申報遺產稅之查核案件
  1. 申報期限屆滿，派查後調取具體違章事證資料或函查者，以調取日或函查日（即發文日）為調查基準日。
  2. 申報期限屆滿前已調取具體違章事證資料或函查者，以申報期限屆滿之次一辦公日為調查基準日。
  3. 前二款調查函應載明具體查核範圍。

土地增值稅

項目 作業步驟及基準日之認定原則
土地增值稅定期選案調查或清查案件
  1. 稅捐稽徵機關派案人員應視經辦人員每人每日可辦理件數，分批交查簽收。
  2. 經辦人員應按交查次序，於調查或清查作業期間內，排定日期函請有關單位派員會同調查或勘查，調查函應載明具體查核範圍，並以發函日為調查基準日。

使用牌照稅

  • 警察機關舉發車輛：稅捐稽徵機關建檔入案日。

  • 車輛檢查：車輛檢查查獲日。

  • 停車格交查：財政部財政資訊中心、稅捐稽徵機關或有關機關檔案交查日。

  • 其他機關查獲案件：該機關查獲日。

印花稅

項目 作業步驟及基準日之認定原則
印花稅檢查、涉嫌違章案件、交辦調查案件
  1. 稅捐稽徵機關查核案件，以稅捐稽徵機關發函通知之實施檢查日為調查基準日，通知函應載明具體查核範圍。
  2. 其他機關通報具體違章事證案件，以該機關查獲之日為調查基準日。
  3. 稅捐稽徵機關發函通知之實施檢查日與其他機關查獲日不同者，以最先作為之日為調查基準日。

其他

項目 作業步驟及基準日之認定原則
其他列選案件、個案調查案件、涉嫌違章案件、臨時交辦調查案件
  1. 稅捐稽徵機關派案人員應視經辦人員每人每日可辦理件數，分批交查簽收。
  2. 經辦人員於交查簽收後，應即進行函查，其調查函應載明具體查核範圍，並以函查日（即發文日）為調查基準日；進行調查之作為有數個時，以最先作為之日為調查基準日。
  3. 調查基準日以前補報並補繳或核定之日以後就核定內容以外之所漏稅款補報並補繳者，適用自動補報並補繳免罰之規定。